Мазки для тестирования на антигены сравнимы с мазками из носоглотки для секвенирования SARS.

Том 13 научных отчетов, номер статьи: 11255 (2023) Цитировать эту статью

576 Доступов

10 Альтметрика

Подробности о метриках

Вирусный геномный надзор стал неотъемлемой частью глобального ответа на пандемию SARS-CoV-2. Усилия по эпиднадзору полагаются на наличие репрезентативных клинических образцов, полученных в результате продолжающихся испытаний. Однако практика тестирования в последнее время изменилась из-за широкой доступности и использования быстрых тестов на антигены, что может привести к пробелам в будущих усилиях по мониторингу. Таким образом, стратегии геномного надзора должны быть адаптированы и включать лабораторные рабочие процессы, устойчивые к типу образца. С этой целью мы сравниваем результаты RT-qPCR и секвенирования вирусного генома с использованием образцов из положительных мазков с антигенной карты BinaxNOW COVID-19 (N = 555) с результатами, полученными из мазков из носоглотки (NP), используемых для тестирования амплификации нуклеиновых кислот (N = 135). Мы показываем, что мазки, полученные с карт антигенов, по эффективности сравнимы с образцами из мазков NP, что представляет собой жизнеспособную альтернативу и позволяет потенциально расширить вирусный геномный надзор на амбулаторные клиники, а также в другие учреждения, где часто используются быстрые тесты на антигены.

Коронавирусное заболевание 2019 года (COVID-19) подчеркнуло важнейшую роль общественного здравоохранения в постоянном тестировании и вирусном геномном надзоре для отслеживания новых вариантов, понимания передачи, связи эволюции вируса с изменениями в эпидемиологии заболеваний, разработки и оценки диагностических инструментов и прогнозирования эффективности вакцин в контекст вирусного разнообразия1,2. По данным Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ)3, COVID-19, вызванный коронавирусом тяжелого острого респираторного синдрома 2 (SARS-CoV-2), привел к примерно 760 миллионам подтвержденных случаев заболевания и 6,9 миллионам смертей во всем мире. Эволюция генома SARS-CoV-2 на протяжении всей пандемии привела к постоянному появлению новых вариантов с повышенной трансмиссивностью, тяжестью заболевания и способностью уклоняться от иммунитета4,5,6. С тех пор как в январе 2020 года были опубликованы первые последовательности генома SARS-CoV-27, более 15 миллионов последовательностей были переданы в базу данных Глобальной инициативы по обмену всеми данными о гриппе (GISAID)8, а более 7 миллионов нуклеотидных последовательностей были депонированы в Национальном центре исследований гриппа. Биотехнологическая информация (NCBI) (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sars-cov-2/) до 29 мая 2023 года. Беспрецедентные усилия по мониторингу эволюции вируса SARS-CoV-2 навсегда изменили подход к геномный надзор за патогенами во всем мире.

Подходы к секвенированию генома SARS-CoV-2 наиболее широко применялись к положительным диагностическим образцам, полученным в результате тестирования амплификации нуклеиновых кислот (МАНК). Золотым стандартом и наиболее широко используемым МАНК является полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией в реальном времени (ОТ-ПЦР). Поскольку оба подхода к секвенированию вируса и ОТ-ПЦР непосредственно амплифицируют вирусный геномный материал, методы сбора, реагенты и последующие протоколы перекрываются, что делает его полезным подходом для геномного надзора. Это оказался эффективный подход, поскольку RT-PCR была наиболее широко используемым подходом в начале пандемии.

Однако в ходе пандемии ситуация с тестированием значительно изменилась в сторону быстрых диагностических тестов (БДТ), чаще всего тестов латерального потока на основе антигенов (LFT). В настоящее время во всем мире имеется более 400 коммерчески доступных экспресс-тестов на SARS-CoV-29,10, а несколько LFT на основе антигенов разрешены для безрецептурного домашнего тестирования на основании разрешения на экстренное использование (EUA) в США11. Анализы на основе антигенов обнаруживают специфические вирусные белки или вирус напрямую, без этапов ПЦР-амплификации12. Универсальность LFT для широкого применения в школах, клиниках и дома значительно расширила их использование. Кроме того, стремясь повысить уровень выявления COVID-19, США сделали LFT бесплатными по почте, впоследствии распространив более 270 миллионов тестовых наборов по состоянию на март 2022 года13. Чувствительность LFT на основе антигенов сравнительно ниже, чем у МАНК, особенно в случаи низкой вирусной нагрузки или бессимптомной инфекции9,14,15,16,17,18; однако при использовании в течение 5–7 дней от начала заболевания среди лиц с симптомами тест может достичь чувствительности 99,2% и специфичности 100,0%19. По сравнению с МАНК, LFT хорошо работают при вирусной нагрузке, соответствующей значению Ct RT-qPCR ≤ 33 циклов20,21,22.