Исследователи-онкологи: получаете ли вы максимальную пользу от данных цифровой ПЦР?

Заполните форму ниже, и мы вышлем вам по электронной почте PDF-версию статьи «Исследователи-онкологи: получаете ли вы максимальную пользу от своих цифровых данных ПЦР?»

Заполните форму ниже, чтобы разблокировать доступ ко ВСЕМ аудиостатьям.

Казалось бы, рак может измениться в мгновение ока, поэтому обнаружение и мониторинг невероятно чувствительны ко времени. Для быстрого, чувствительного и точного тестирования ДНК опухолей исследователи рака все чаще полагаются на цифровую ПЦР (дПЦР). Однако при проведении этих измерений вероятность ошибки практически отсутствует. Здесь мы обсудим, как выглядят хорошие данные дПЦР, как некачественное оборудование может снизить качество данных и что исследователи-онкологи могут сделать, чтобы получить высококачественные данные дПЦР, которые обеспечат точное и эффективное понимание опухолевой нагрузки.

Для многих видов рака чем раньше начинается лечение, тем больше окно лечения и тем больше вероятность того, что пациент выживет. Однако в зависимости от генетического строения опухоли некоторые методы лечения могут быть более эффективными, чем другие. Секвенирование следующего поколения может ускорить выбор подходящего лечения за счет выявления молекулярных биомаркеров в опухоли, которые вызывают заболевание или делают его устойчивым к лекарствам.

Впоследствии многие исследователи изучают возможность использования неинвазивного метода, называемого жидкой биопсией, для отслеживания этих биомаркеров. Этот метод оценивает циркулирующую опухолевую ДНК (цДНК) для измерения биомаркеров в крови и других жидкостях организма. Данные жидкой биопсии могут дать представление об опухолевой нагрузке, указать прогноз и принять решение о лечении, когда и как долго применять выбранную терапию. Эти идеи имеют значительный потенциал для обеспечения более эффективного и персонализированного лечения рака в будущем.

цтДНК содержится в мизерных количествах в жидких образцах биопсии, поэтому для обеспечения точных результатов крайне важно использовать высокочувствительную технологию, такую ​​​​как dPCR. Однако при сравнении многочисленных доступных систем dPCR различные конструкции инструментов дают данные различной точности, точности и чувствительности. Противоречивые данные подрывают ошеломляющие успехи исследований биомаркеров в целом. В конечном счете, чтобы жидкая биопсия стала стандартной клинической практикой, исследователям онкологии нужны инструменты и реагенты, на которые можно положиться для получения данных о биомаркерах высочайшего качества.

Все подходы дПЦР разработаны для достижения чрезвычайно точного и точного тестирования нуклеиновых кислот, обеспечивая абсолютную количественную оценку целевых видов. Анализ dPCR включает разделение образца на тысячи отдельных единиц, каждая из которых содержит одну или несколько нитей ДНК. Это можно сделать на микроматрице, на микрофлюидном чипе, на микрофлюидных планшетах, подобных ПЦР, или, в случае капельной цифровой ПЦР (ddPCR), в масляно-водной эмульсии. Далее в каждом перегородке происходит реакция ПЦР, и флуоресцентные зонды амплифицируют нуклеиновую кислоту-мишень. В конце реакции перегородки оценивают на положительную или отрицательную флуоресценцию. Исследователи используют статистику Пуассона для определения концентрации целевой нуклеиновой кислоты в исходном образце.

В отличие от количественной ПЦР (кПЦР), анализы дПЦР не требуют от исследователей сравнивать свои образцы со стандартной кривой для интерпретации результатов, что снижает вероятность человеческой ошибки. Это также делает возможными высокую чувствительность и высокий предел обнаружения анализов dPCR, что делает их способными оценивать образцы, содержащие менее одного процента целевых видов, что часто бывает в случае с жидкими образцами биопсии.

Как и в случае с любой другой технологией, тип инструмента, качество реагентов и возможности пользователя влияют на надежность жидкой биопсии, оцениваемой с помощью dPCR. Поскольку некоторые элементы инструментов и анализов дПЦР различаются, не все инструменты будут давать данные одинакового качества. Хотя предпочтительнее выбирать систему, которая дает результаты с низкими затратами, с простым рабочим процессом и коротким временем получения результатов от образца, исследователи также должны уделять первоочередное внимание качеству тестирования ктДНК, чтобы выбрать инструмент, который добавит реальную информацию в их исследования.